Les inodes perdues ! Cette semaine, j'ai eu droit à un problème particulier sur le serveur : alors que rien dans la configuration des services n'a été changé, je me suis rendu compte que WordPress ne réagissait pas comme d'habitude.

Les symptômes les plus visibles sont la lenteur de l'application, l'impossibilité de mettre à jour ou corriger un article ou encore ajouter des tags à un nouvel article.

J'avais déjà connu cet état lors d'un crash de la base SQL il y a maintenant quelques années donc je me suis dit que j'allais commencer par redémarrer Apache puis réparer la base de données.

Serveur dédié : résoudre le problème "no space left on device" photo

Suppression des instances Apache et redémarrage du service

Dès le lancement de la session SSH, il est évident que quelque chose ne tourne pas rond. Après le message de bienvenue, un message d'erreur apparaît :

/usr/bin/xauth:  error in locking authority file /root/.Xauthority

Et en voulant arrêter Apache, on obtient:

Restarting web server: apache2. [error]
There are processes named 'apache2' running which do not match your pid

On commence donc par régler ce problème et on regarde quels sont les PID utilisés par Apache:

pidof apache2

La commande pidof nous retourne toute une liste de pid:

32691 31385 31154 30917 30663 29150 27368 24820 24563 17531 15227 14235 13559 13064 11028 10906 10256 9156 9144 9042 8855 8542

On met fin à toutes ces instances avec un simple kill -9:

kill -9 32691 31385 31154 30917 30663 29150 27368 24820 24563 17531 15227 14235 13559 13064 11028 10906 10256 9156 9144 9042 8855 8542

Une fois toutes les instances d'Apache supprimées, il nous est de nouveau possible de redémarrer le service normalement:

service apache2 restart

Ménage dans l'espace disque et le nombre d'inodes disponibles

Au moment de réparer les tables de la base de données, rebelote, erreur :

No space left on device (error 28)

On commence par un petit ménage dans les paquets obsolètes, qui ne résoudra pas grand-chose:

apt-get autoclean && apt-get autoremove

Je tente un simple df pour vérifier si les disques sont pleins :

df

mais visiblement, non, il reste bien de la place :

Filesystem      Size  Used Avail Use% Mounted on
/dev/root       9.8G  4.4G  5.0G  47% /
devtmpfs        2.0G     0  2.0G   0% /dev
tmpfs           390M  408K  390M   1% /run
tmpfs           5.0M     0  5.0M   0% /run/lock
tmpfs           780M     0  780M   0% /run/shm
/dev/sda2       683G  531G  118G  82% /home

Je tente alors un df -i pour vérifier le nombres d'inodes disponibles :

df -i

Un nœud d'index ou inode (contraction de l'anglais index et node) est une structure de données contenant des informations à propos d'un fichier stocké dans les systèmes de fichiers Linux/Unix. À chaque fichier correspond un numéro d'inode (i-number) dans le système de fichiers dans lequel il réside, unique au périphérique sur lequel il est situé.

A lire :  Nouveautés du site : automne 2011

Serveur dédié : résoudre le problème "no space left on device" photo 1
Descripteurs de fichiers, table des fichiers et table des inodes sous Linux

Les inodes contiennent notamment les métadonnées des systèmes de fichiers, et en particulier celles concernant les droits d'accès.

Les inodes sont créés lors de la création du système de fichiers. La quantité d'inodes (généralement déterminée lors du formatage et dépendant de la taille de la partition) indique le nombre maximum de fichiers que le système de fichiers peut contenir.

Dans notre cas, catastrophe, il ne reste quasiment plus d'inodes disponibles !

Filesystem     Inodes IUsed IFree IUse% Mounted on
/dev/root        640K  640K     6   100% /
devtmpfs         487K  1.5K  486K    1% /dev
tmpfs            488K   864  487K    1% /run
tmpfs            488K    10  488K    1% /run/lock
tmpfs            488K     2  488K    1% /run/shm
/dev/sda2         44M   37K   43M    1% /home

Il nous faut donc trouver quels sont les répertoires qui pompent toutes nos inodes. Voici comment identifier les répertoires qui en consomment le plus:

for i in /*; do echo $i; find $i |wc -l; done
for i in /var/*; do echo $i; find $i |wc -l; done
for i in /var/lib/*; do echo $i; find $i |wc -l; done

J'ai répété l'opération jusqu'à me rendre compte que le problème se trouvait dans les milliers de fichiers de session PHP du répertoire /var/lib/php/sessions.

A ce stade, je ne me suis pas posé de questions - les fichiers de session sont par défaut volatiles, ne durant que le temps d'une session (une visite) et peuvent donc être supprimés sans crainte :

find /var/lib/php/sessions -name '*' | xargs rm

La suppression totale des fichiers a pris plus de dix minutes. Vous pouvez vous assurer de la suppression en calculant la taille du répertoire :

du -s /var/lib/php/sessions

On relance df -i et là, magie, on a retrouvé un nombre d'inodes disponibles beaucoup plus raisonnable :

Filesystem     Inodes IUsed IFree IUse% Mounted on
/dev/root        640K   81K  560K   13% /
devtmpfs         487K  1.5K  486K    1% /dev
tmpfs            488K   864  487K    1% /run
tmpfs            488K    10  488K    1% /run/lock
tmpfs            488K     2  488K    1% /run/shm
/dev/sda2         44M   37K   43M    1% /home

Nous sommes passés de 100% d'utilisation des inodes à 13%, en supprimant plus de 2 Go de données de sessions PHP.

Pour créer un crontab et automatiser la tâche, rendez-vous sur le tutoriel BASH : supprimer les fichiers de session PHP obsolètes.

Réparation de la base de données SQL

Le système étant redevenu stable et réactif, sans avoir à rebooter le serveur, nous pouvons maintenant réparer nos tables SQL au format InnoDB avec :

mysqlrepair -o -A

Puis redémarrer la base de données :

service mysql restart

Attaquons-nous maintenant à la racine du mal : la configuration PHP.

Configuration des sessions sous PHP

Nous allons éditer notre fichier php.ini pour comprendre pourquoi autant de fichiers de sessions sont créés et surtout pourquoi ils ne sont pas supprimés lorsqu'ils arrivent à expiration.

A lire :  Wordpress hack : repair & optimize your database

On commence par trouver le bon fichier php.ini à éditer en créant une page sur le site avec un simple:

<?php phpinfo(); ?>

Il suffit de rechercher la variable Loaded Configuration File :

Loaded Configuration File 	/etc/php/7.0/fpm/php.ini 

On édite php.ini :

nano /etc/php/7.0/fpm/php.ini

et on vérifie/modifie les valeurs suivantes dans la section [session]:

session.save_handler = files
session.save_path = ""
session.gc_probability = 1
session.gc_divisor = 100
session.gc_maxlifetime = 1440
session.lazy_write = On

On sauvegarde le fichier et on redémarre Apache et PHP :

service apache2 restart

Notez que j'avais modifié la valeur de la directive session.save_path il y a quelques mois et lui avait attribué la valeur /var/lib/php/sessions, ce qui est une erreur monumentale. En effet, par défaut et depuis quelques versions de PHP, cette valeur est "", c'est-à-dire que les sessions sont stockées dans le répertoire temporaire du système (/tmp).

Conclusion

Voilà, problème résolu. Tout est revenu à la normale et le nombre de sessions est maintenant revenu à un niveau beaucoup plus correct : le nombre d'inodes utilisé est stabilisé à 13%.

Sommaire de la série Monter un serveur dédié de A à Z

  1. Serveur dédié : installation d'Apache, PHP, MySQL et Webmin
  2. Serveur dédié : créer la base de données MySQL et importer WordPress
  3. Serveur dédié : créer et activer un Virtual Host sous Apache
  4. Serveur dédié : changer les DNS du nom de domaine et le faire pointer vers le serveur
  5. Serveur dédié : sécurisation des services avec iptables et fail2ban
  6. Serveur dédié : sécurisation de la couche TCP/IP
  7. Serveur dédié : création d'un serveur mail Postfix (sécurisé avec Saslauthd et certificat SSL) et Courier (accès POP et IMAP) utilisant une base MySQL d'utilisateurs/domaines virtuels
  8. Serveur dédié : sécuriser Apache 2 avec ModSecurity
  9. Serveur dédié : CHMOD récursif sur des fichiers ou répertoires en ligne de commande
  10. Serveur dédié : installer APC comme système de cache et configurer Varnish comme reverse-proxy pour Apache pour améliorer les performances
  11. Serveur dédié : afficher la véritable IP derrière un reverse-proxy comme Varnish
  12. Serveur dédié : intégrer SSH à WordPress pour mettre à jour le core, les plugins et les thèmes
  13. Serveur dédié : installer la dernière version d'APC par SVN
  14. Serveur dédié : analyse des performances du serveur
  15. Serveur dédié : mettre à jour le noyau Debian de la Kimsufi
  16. Serveur dédié : sauvegarde automatique des fichiers avec Backup Manager sur le serveur de sauvegarde OVH
  17. Serveur dédié : configurer la limite mémoire pour PHP et Suhosin
  18. Bash : supprimer tous les fichiers et sous-répertoires d'un répertoire
  19. Serveur dédié : impossible de se connecter à un port distant
  20. Rsync: rapatrier les fichiers du serveur à la maison
  21. Bash : réparer les tables MySQL en cas de crash
  22. Serveur dédié : création d'une seedbox avec Transmission
  23. Serveur dédié : des paquets LAMP à jour sous Debian
  24. Serveur dédié : mise à jour vers Debian 7 Wheezy
  25. Serveur dédié : activer X11 forwarding pour SSH
  26. Serveur dédié : optimiser toutes les images JPG et PNG avec OptiPNG et JpegOptim
  27. Postfix : résoudre l'erreur "fatal: www-data(33): message file too big"
  28. Serveur dédié : mise en place de l'IPv6
  29. WordPress : accorder les bonnes permissions aux fichiers et dossiers avec chown et chmod
  30. WordPress : héberger les images sur un sous-domaine
  31. Serveur dédié : ajouter l'authentification SPF, Sender-ID et DKIM à Postfix et Bind9 avec opendkim
  32. Apache : lorsque le domaine seul (sans WWW) renvoie une erreur 403
  33. Serveur dédié : sécuriser Apache avec HTTPS (HTTP avec la couche TLS/SSL) en Perfect Forward Secrecy
  34. Serveur dédié : passer WordPress en HTTPS (TLS/SSL)
  35. Serveur dédié : configurer Webmin en TLS avec un certificat SSL
  36. Serveur dédié : configurer Transmission pour accéder au WebUI via TLS-SSL
  37. Serveur dédié : installer et configurer Varnish 4
  38. Serveur dédié : passage au mod FastCGI et PHP-FPM avec Apache MPM Worker
  39. J'ai planté le serveur... ou comment récupérer un serveur Kimsufi après un plantage de kernel avec le mode rescue OVH
  40. Serveur dédié : configurer Postfix et Courier pour utiliser TLS-SSL en Perfect Forward Secrecy
  41. Serveur dédié : retirer Varnish, devenu inutile avec HTTPS
  42. Serveur dédié : ajout de mod_spdy pour accélérer la connexion TLS-SSL sous Apache
  43. Serveur dédié : installer la dernière version d'OpenSSL sous Debian
  44. Serveur dédié : activer l'IP canonique du serveur sous Apache
  45. Serveur dédié : mise à jour vers PHP 5.6
  46. MySQL : convertir les tables MyISAM au format InnoDB
  47. Serveur dédié : optimiser toutes les images GIF avec GIFsicle
  48. Serveur dédié : migration de MySQL vers MariaDB
  49. BASH : lister, bloquer et débloquer des adresses IP avec iptables
  50. Serveur dédié : produire une meilleure réserve d'entropie avec haveged
  51. Serveur dédié : mettre en place DNSSEC pour sécuriser les DNS du domaine
  52. Serveur dédié : mise en place du protocole DANE
  53. 8 règles d'or pour bien déployer DNSSEC et DANE
  54. Serveur dédié : installer PHP7 FPM avec FastCGI sous Debian
  55. Serveur dédié : réduire les connexions TIME_WAIT des sockets et optimiser TCP
  56. Fail2Ban: protéger Postfix contre les attaques DoS de types AUTH, UNKNOWN et EHLO
  57. Serveur dédié : mettre à jour Apache et configurer le mod_http2 pour HTTP/2
  58. Serveur dédié : ajouter le domaine à la liste HSTS preload
  59. Serveur dédié : ajouter l'authentification DMARC à Postfix et BIND
  60. Serveur dédié : à la recherche de l'inode perdue ou comment résoudre le problème "no space left on device"
  61. Serveur dédié : installer NginX avec support HTTP2 et certificat SSL, PHP, MariaDB sous Debian
A lire :  Linux : retrouver l'usage des touches Fn + F5 et F6 pour régler la luminosité depuis le clavier d'un ordinateur portable

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Serveur dédié : à la recherche de l'inode perdue ou comment résoudre le problème "no space left on device"

par Matt Lecture: 6 min
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