Modifier les permissions d’un dossier complet à la main avec un client FTP, c’est possible. C’est aussi lent, pénible, et rarement la meilleure idée quand on administre un serveur.
En ligne de commande, chmod permet de corriger les droits beaucoup plus vite. Toutefois, il faut le faire proprement. Une commande récursive mal pensée peut rendre un site inaccessible, empêcher PHP de lire ses fichiers, ou donner trop de droits à tout le monde.
La règle à retenir est simple : on ne traite pas les fichiers et les répertoires de la même façon. Les dossiers ont besoin du droit d’exécution pour être traversés. Les fichiers, eux, n’ont généralement pas besoin d’être exécutables.